De stichting kende een Algemeen Bestuur met vertegenwoordigers van universiteiten, waterschappen, gemeenten, provincies, verzekeringswereld, adviesbureaus, kennisinstellingen en uitvoerend bedrijfsleven. Het Algemeen Bestuur kwam 4 keer per jaar bijeen en heeft uit haar midden een Dagelijks Bestuur samengesteld, die maandelijks bijeen kwam. De heer Carel Jan Reigersman heeft vanaf het begin als onafhankelijk voorzitter leiding gegeven aan beide besturen.
Algemeen Bestuur Leven met Water
De samenstelling van het Algemeen Bestuur per 1 december 2009 was:
Dagelijks Bestuur
ir. C.J.A. Reigersman - voorzitter
ir. J.M.J. Leenen, STOWA - secretaris
ir. J. Ploeger, Inter Provinciaal Overleg - penningmeester
Leden Algemeen Bestuur
ir. B.W.M. Koeckhoven, Interpolis Agro
mr. H.M. Meijdam, CURNET
dr.ir. A.G. Segeren, Deltares
prof.dr. R.J. in 't Veld, RMNO
prof.dr.ir. P. Vellinga, Wageningen Universiteit
mr. drs. G.A.A. Verkerk, Gemeente Delft
dr. G. Vos, InnovatieNetwerk
dr.ir. J.C.M. de Wit, Tauw bv
prof.dr.ir. C. Zevenbergen, Dura Vermeer Business Development BV
Agendaleden
drs. D. Brand, Ministerie van VROM
dr. M.J. van Bracht, TNO Bouw en Ondergrond
drs. M. van Leeuwen, SenterNovem
Vertegenwoordiger van het Ministerie van VenW (DGW)
drs. M.B.A.M Scheffers, Ministerie van VenW