Onder verantwoordelijkheid van het bestuur voert het programmateam het programma met haar 100 projecten en 200 netwerkpartners uit. Het programmateam, onder leiding van programmadirecteur Bert Satijn en wetenschappelijk directeur Geert Teisman, had als belangrijke taken het makelen en schakelen om van een projectidee naar een volwaardig voorstel te komen, de geselecteerde projectvoorstellen om te zetten in projectovereenkomsten vooral de begeleiding van de projecten. Dit concentreerde zich op de begeleiding van het onderzoek en afstemming met andere kennisprogramma's en projecten. Daarnaast hebben kennisontsluiting, verankering en overdracht extra aandacht gekregen. Communicatie op project- en programmaniveau, inclusief het ontwikkelen van een websites en het kennisontsluitingssyteem Aquasearch, heeft een belangrijke rol gespeeld gedurende het gehele programma.
Naast inhoudelijke taken is ook veel energie besteed aan de organisatie van het programma en de administratie. De Bsik-regeling vroeg om een intensieve administratieve begeleiding van de projecten en een bijzondere verantwoordingssystematiek richting het penvoerend ministerie.
Programmateam Leven met Water
Het programmateam bestond per 1 december 2009 uit:
Ir. H.M.C. Satijn - programmadirecteur
Prof.dr.ing. G.R. Teisman - wetenschappelijk directeur
Ing. C. Nijburg - programmasecretaris
Drs. C.M. van Schaik - programmacoördinator
E.A.M. Vranken - communicatiecoördinator
P.A.T. Reichard - communicatiecoördinator
M.M.I. Scholsz - managementassistente
M. Boom - managementassistente
I van Geloven - programmacontroller
N. Simonian - projectassistente